超市用食品经营许可证是指超市进行食品销售时必须具备的合法证件。在一线城市，办理超市用食品经营许可证的费用通常较高，因为审批程序较为严格和复杂；而在二三线城市，费用相对较低一些。

首先，一线城市的超市用食品经营许可证申请流程相对较繁琐，所需材料较多且要求严格。申请人需要提供详细的商业计划书、场地证明、卫生许可等文件，并经过多个部门的审核和批准。此外，由于市场竞争激烈，一些部门可能会对申请人的资质和实力进行评估，这也会增加申请的难度和工作量。因此，在一线城市办理超市用食品经营许可证的费用相对较高。

其次，在二三线城市，办理超市用食品经营许可证的程序相对简化，但费用也相应降低。这些城市通常只需要提交一些基本的文件，如场所租赁合同或产权证明、经营者身份证明等即可。同时，由于市场需求较小，部分地区的政府部门可能没有像一线城市那样严格的审批程序和评估标准，因此费用也会更低廉些。

总的来说，办理超市用食品经营许可证的费用会受到所在城市的经济发展水平、政策法规等因素的影响而有所不同。在选择代办机构时，建议咨询当地相关部门了解具体收费标准和代办机构的资质情况以做出明智的选择。