北京公司摇号申请流程如下：

　　1.登录北京市机动车摇号官网（注册企业用户）。

　　2.填写公司基本信息、公司组织机构信息、公司纳税信息及上一年度纳税额。

　　3.提交资料并等待审核。审核通过后，就可以参与摇号了。

　　请注意，每月26日可以登录该网站查询摇号结果。如果中签，打印指标证明后即可购车。

　　此外，公司需要满足一定的条件才能参与摇号，如在北京名下没有登记的小汽车，或应报废而没有报废的汽车等。具体申请条件请查询北京市交通委员会官方网站或咨询相关部门。

　　请注意，摇号政策可能会随着时间和政策环境的变化而有所调整，建议在申请前仔细阅读相关政策规定，以确保申请流程的正确性和有效性。